Експериментальна науково-дослідна магістерська робота (ЕНДР) та кваліфікаційна робота інженерного спрямування (КРІС) виконуються на кафедрі біотехнології і мікробіології (БТМ), а також на базі інших наукових та інженерно-конструкторських закладів та профільних промислових підприємств. 

Дипломне проектування включає наступні етапи:

- підготовчий;

- виконання ЕНДР (КРІС);

- захист ЕНДР (КРІС).

Під час підготовчого етапу проводиться уточнення формулювання теми кваліфікаційної роботи, остаточне затвердження керівника, проведення організаційних зборів в академічних групах, видача студентам завдань, складання плану-графіку роботи.

У ході підготовчого етапу магістрант повинен провести ґрунтовний аналіз матеріалів попередньої курсової роботи та звіту з практики. На основі проведеного аналізу уточнити новизну кваліфікаційної роботи, яка повинна включати нові технологічні рішення як стосовно доферментаційних стадій і виробничого біосинтезу, так і для післяферментаційних стадій (для КРІС) або новизну отриманих наукових результатів (у разі виконання ЕНДР).

Підготовчий етап завершується складанням календарного плану виконання розділів кваліфікаційної роботи і затвердження їх підписом студента, керівника роботи та завідувача кафедри.

У період виконання роботи призначаються дві атестації та попередній захист роботи, на яких визначається ступінь готовності кваліфікаційної роботи. Результати атестації аналізуються на засіданні кафедри БТМ і, якщо є така потреба, подаються в деканат для ухвалення відповідного рішення про неможливість подальшого виконання кваліфікаційної роботи та відрахування студента.

Перша атестація проводиться через чотири тижні після видачі завдання на виконання кваліфікаційної роботи. Студент, який вчасно не представив для розгляду комісії необхідний обсяг матеріалів роботи, не допускається до подальшого дипломного проектування і, у разі не виправлення ситуації упродовж 1…7 днів, кафедрою порушується клопотання про його відрахування з університету.

На першу атестацію магістрантом повинні бути представлені матеріали згідно табл. 1.

Друга атестація призначається не пізніше, ніж за чотири тижні до початку основних захистів кваліфікаційних робіт. На другу атестацію магістрантом мають бути представлені матеріали згідно табл. 2:

Студенти, які успішно пройшли атестацію, допускаються до проходження попереднього захисту кваліфікаційної роботи.

Якщо студент вчасно не представив або представив не у повному обсязі зазначені матеріали роботи, і не виправив  ситуацію упродовж 1…7 днів,  кафедрою порушується клопотання про його відрахування з університету.

Студент, який не пройшов першу та другу атестації, не допускається до попереднього захисту кваліфікаційної роботи.

Попередній захист покликаний реально оцінити рівень підготовки кваліфікаційної роботи. З цією метою завідувач кафедри призначає комісію в складі 3−4 викладачів кафедри. Дата проведення попереднього захисту встановлюється не пізніше, ніж за тиждень до початку основних захистів кваліфікаційних робіт.

На попередній захист у студента повинні бути: повністю готова робота (у непереплетеному вигляді), для робіт інженерного характеру – графічна частина (на попередній захист допускається представлення креслень, роздрукованих на аркушах формату А3) та демонстраційні матеріали (роздрукований варіант слайдів мультимедійної презентації). Студент також представляє і здає секретарю екзаменаційної комісії (ЕК) заповнені бланки завдання на проектування (2-й екземпляр), оформлений бланк внутрішньої рецензії від керівника (подання), резюме до кваліфікаційної роботи та заповнену залікову книжку.

На попередній захист студент повинен подати кваліфікаційну роботу в зазначеному вище вигляді та підготувати доповідь, в якій чітко повинно бути зазначено:

• які завдання дослідження і яким чином вирішені;
• які результати як наслідок вирішення поставлених завдань отримані тощо.

Ключові моменти доповіді повинні бути відображені і у демонстраційному матеріалі.

Метою проведення попереднього захисту роботи на кафедрі є:

• перевірка дотримання вимог щодо змісту роботи (виходячи з наданого завдання) та її оформлення;
• перевірка наявності усіх супровідних документів (відгук наукового керівника, зовнішня рецензія, матеріали апробації результатів дослідження (ксерокопії (витяги) програм наукових конференцій, тез доповідей, наукових статей тощо);
• перевірка готовності автора до захисту роботи в ЕК (вільне володіння матеріалом кваліфікаційної роботи, здатність правильно відповідати на питання стосовно суті та результатів дослідження, наявність демонстраційного матеріалу для публічного захисту роботи).

Комісія після докладного ознайомлення з матеріалами кваліфікаційної  роботи та заслуховування доповіді, надає висновок про якість проведеної магістрантом роботи, робить зауваження і  дає відповідні рекомендації з доопрацювання. Недоліки в пояснювальній записці, доповіді і демонстраційному матеріалі, виявлені в ході попереднього захисту, доводяться до відома доповідача. Їх необхідно усунути протягом 1…3 днів.

Результати попереднього захисту фіксуються у журналі реєстрації і завіряються підписом членів комісії, керівника кваліфікаційної роботи та підписом студента про ознайомлення з результатами.

За умови успішного проходження попереднього захисту магістранту видається направлення на зовнішню рецензію.

Право надавати зовнішню рецензію на кваліфікаційну роботу має фахівець, який обіймає інженерну посаду чи має науковий ступінь та має досвід роботи на підприємстві (науково-дослідній, проектно-конструкторській, або контрольно-аналітичній організації), наближеного до теми кваліфікаційної роботи профілю.

Якщо магістрант не допускається комісією до захисту роботи в ЕК, то це питання розглядається на засіданні кафедри за участю випускника і його керівника.

Захист ЕНДР (КРІС) є формою перевірки рівня теоретичних знань випускника, його володіння тематикою кваліфікаційної роботи та відповідності рівня його теоретичної, наукової та практичної підготовки освітньому ступеню «магістр» і проводиться на відкритому засіданні екзаменаційної комісії із захисту магістерських робіт за участі не менше двох третин її складу.

Рішення про черговість захисту студентами ЕНДР (КРІС) на ЕК приймається кафедрою не пізніше, ніж за три дні до засідання.

В екзаменаційну комісію із захисту до його початку повинні бути представлені: кваліфікаційна робота, що включає зшиту пояснювальну записку, підписану студентом, консультантами (за потреби), керівником, завідувачем кафедри й деканом, креслення (для робіт інженерного спрямування); відзив керівника на бланку, в якому також відображаються відомості про виконання студентом навчального плану й отримані ним оцінки з теоретичних дисциплін, курсової роботи, практики, зовнішня рецензія на ЕНДР (КРІС), другий бланк завдання, резюме до кваліфікаційної роботи та залікову книжку, а також електронний варіант роботи (не пізніше, ніж за три дні до засідання ЕК).

На захист роботи студент готує доповідь, вона має супроводжуватись демонстрацією мультимедійної презентації і регламент доповіді не повинен перевищувати 7 хв. Після доповіді студенту ставлять питання члени ЕК. Хід захисту фіксується у протоколі ЕК.

Результати захисту відзначаються оцінками «відмінно», «добре», «задовільно» та «незадовільно», а також за 100-бальною шкалою та системою ECTS. Під час визначення оцінки кваліфікаційної роботи береться до уваги рівень теоретичної, наукової та практичної підготовки студентів. Оцінки захисту кваліфікаційної роботи виставляє кожен член комісії. Рішення ЕК про оцінку знань, виявлених під час захисту кваліфікаційної роботи, а також про присудження випускникам ступеня вищої освіти та видання дипломів (загального зразка чи з відзнакою) ухвалюється на закритому засіданні комісії відкритим голосуванням більшістю голосів членів комісії, які брали участь в її засіданні. За однакової кількості голосів голос Голови ЕК є вирішальним.

У випадках, коли захист кваліфікаційної роботи визначається незадовільним, ЕК встановлює, чи може студент подати на повторний захист ту ж роботу з доопрацюванням, чи він зобов'язаний опрацювати нову тему.

Захист ЕНДР (КРІС) відбувається на відкритому засіданні екзаменаційної комісії у наступній послідовності:

• секретар ЕК повідомляє прізвище, ім'я, по батькові випускника, зачитує тему ЕНДР (КРІС);
• заслуховується доповідь випускника (до 7 хвилин);
• члени ЕК і присутні ставлять запитання;
• випускник відповідає на запитання;
• секретар екзаменаційної комісії зачитує рецензію;.
• заслуховується відповідь випускника на рецензію.

Під час захисту випускнику важливо зазначити не тільки актуальність теми, новизну й оригінальність рішень, практичну й наукову цінність ЕНДР (КРІС), а й також вказати свій особистий внесок у виконану роботу.

Запитання, які по закінченню доповіді задають голова і члени комісії, присутні, можуть стосуватися теми кваліфікаційної  роботи або фахових дисциплін. Із доповіді та відповідей на питання комісія робить висновок про широту кругозору випускника, його ерудицію, уміння привселюдно виступати й аргументовано відстоювати свою точку зору.

Оцінка «відмінно» виставляється, якщо кваліфікаційна робота виконана на актуальну тему, новизна яких підтверджена посиланнями на сучасну вітчизняну та зарубіжну наукову та/або патентну літературу, а наведені результати можуть бути реалізовані на практиці. Виконано декілька варіантів розв’язання основної задачі та представлені варіанти мають творчий, оригінальний характер і відрізняються від традиційно прийнятих. Усі прийняті рішення обґрунтовані та підтверджені відповідним аналізом й розрахунками, з врахуванням всіх вхідних факторів. Кваліфікаційна робота містить всі необхідні розділи та елементи, передбачені завданням, у тому числі продуктовий розрахунок і матеріальний баланс всього виробництва, включаючи стадії виділення та очищення цільового продукту (для КРІС). Оформлення роботи виконано згідно вимог ЕСКД. Відгук та рецензія позитивні. Доповідь змістовна та відображає високий рівень теоретичної та фахової підготовки. Відповіді на питання членів ЕК повні та вірні. Апробація роботи включає не менше 2-х статей (3...5 друкованих сторінки кожна) у матеріалах міжнародних конференцій за межами НУХТ чи фахових виданнях.

Оцінка «добре» виставляється, якщо тема кваліфікаційної роботи розкрита, теоретичні обґрунтування та висновки вірні, але присутні окремі недоліки непринципового характеру: поверхнево зроблено аналіз літературних джерел, недостатньо використані матеріали об’єкту дослідження, використання сучасного аналітичного інструментарію обмежено. Робота містить всі необхідні розділи та елементи, що передбачені завданням на дипломне проектування. Оформлення роботи та графічної частини виконано згідно вимог ЕСКД, але викликає певні, несуттєві зауваження. Відгук та рецензія позитивні, але мають окремі недоліки. Доповідь логічна, гарно проілюстрована, в цілому відображає результати роботи та достатній рівень теоретичної й практичної підготовки випускника. Відповіді на питання членів ДЕК вірні, але не завжди повні або коректні.

Оцінка «задовільно» виставляється, якщо тема розкрита повністю, але науково-теоретичний та методичний рівень її виконання не дуже високий; одержані результати систематизовані недостатньо, висновки зроблені непереконливо. Оформлення роботи в цілому виконано згідно вимог ЕСКД, але є суттєві  зауваження. Відгук та рецензія позитивні, але містять суттєві зауваження. Доповідь відображає основні результати роботи та достатній рівень теоретичної й професійної підготовки випускника. Не всі відповіді на питання членів ЕК повні та вірні.

Оцінка «незадовільно» виставляється, якщо тема розкрита не повністю, науково-методичний рівень роботи низький; одержані результати не систематизовані, висновки зроблені непереконливо; магістрант погано володіє матеріалом дослідження, неспроможний відповісти на запитання; є суттєві зауваження до оформлення роботи. Доповідь не відображає змісту виконаної роботи. Наглядні матеріали є випадковими або відсутніми. Більшість відповідей не вірні, студент не володіє предметом дослідження.

У той же день після закритого засідання й оформлення протоколу засідання екзаменаційної комісії із захисту магістрантам оголошуються результати захисту. За результатами підсумкової атестації студентів ЕК ухвалює рішення щодо присвоєння їм освітнього ступеню «магістр» за освітньо-професійними програмами «Фармацевтична біотехнологія» та «Промислова біотехнологія» спеціальності 162 «Біотехнології та біоінженерія» і видачу диплома про вищу освіту.