Історія кафедри є передісторією створення в Україні принципово нового напряму розвитку сучасної харчової технології – формування індустрії здорового харчування, відповідно до передових світових тенденцій. Обґрунтований і науково доведений Всесвітньою організацією охорони здоров’я (ВООЗ) безпосередній зв'язок між структурою та якістю харчування і здоров’ям людини зумовив інтенсивний розвиток виробництва та реалізації на світовому ринку харчових продуктів нового покоління. Вони не лише задовольняють пластичні та енергетичні потреби живого організму, а й забезпечують повноцінне його постачання всіма необхідними природними біологічно активними компонентами. Це гарантує здоров’я нації та активне творче довголіття кожного громадянина.

Для конструювання, виробництва та реалізації таких продуктів необхідні спеціальні кадри, підготовку яких і виконує кафедра технології функціональних харчових продуктів у структурі Національного університету харчових технологій.

Кафедру створено згідно з рішенням Вченої ради університету 1 вересня 2001 року (наказ № 80 від 08.08.2001 року). Було встановлено штат кафедри обсягом 7,5 штатних одиниць професорсько-викладацького складу і 5 штатних одиниць навчально-допоміжного персоналу. За кафедрою закріплено приміщення площею 244 м2 , де розміщено 2 навчальні лабораторії (122 м2), науково-дослідну лабораторію (25 м2), комп’ютерний клас (45 м2), оснащений 30 сучасними комп’ютерами, аудиторії на 60 та 25 місць. Усі лабораторії оснащено сучасними приладами та допоміжним обладнанням.

З часу свого створення кафедра підготувала для харчової промисловості понад 300 фахівців, що успішно поєднують у своїй виробничій діяльності знання із сучасних харчових технологій та останніх досягнень медицини.