Доброю традицією кафедри біотехнології і мікробіології (БТМ) є співпраця з провідними академічними установами України. Так, студенти-біотехнологи виконують на їх базі науково-дослідну роботу і проходять практичну підготовку. Завідувач відділу антибіотиків Інституту мікробіології та вірусології ім. Д.К. Заболотного НАН України Лілія Авдєєва, провідний науковий співробітник відділу біохімії коферментів Інституту біохімії ім. О.В. Палладіна НАН України Тамара Кучмеровська, завідувач відділу біотехнології Інститут продовольчих ресурсів НААН України Наталя Кігель є професорами кафедри БТМ та проводять заняття для студентів на базі наукових установ.
Крім того, викладачі кафедри постійно публікують наукові статті у провідному українському журналі Інституту біоіхмії ім. О.В. Палладіна НАН України «Biotechnologia Acta», який входить до трьох міжнародних наукометричних баз даних ProQuest, EBSCO і РИНЦ.